HCV-RNA: Kỹ thuật mới trên hệ thống QIA-GEN | Medlatec

HCV-RNA: Kỹ thuật mới trên hệ thống QIA-GEN

Ngày 21/10/2014 ThS. Trịnh Thị Quế, Khoa Xét nghiệm, BV MEDLATEC

Virus viêm gan C (HCV) thuộc họ Flaviviridae, giống Hepacivirus. Cấu trúc phân tử HCV RNA virus bao gồm một khung đọc mở duy nhất (ORF - open reading frame) bao trùm cấu trúc gen của HCV mã hoá một chuỗi polypeptide khoảng 3010 - 3033 aminoacid (aa) gắn kết vào đầu 5’ và 3’ của các vùng không dịch mã (UTR - Untranslated region).


Gen của virus chia làm 3 vùng chính có hai đầu 5’ và 3’.

Khởi đầu, khung đọc mở ở vùng 5’ không phiên mã (HCV5 - UTR) gồm 341 nucleotide là vùng bảo tồn nhất trong cấu trúc gen của HCV, 90% cấu trúc hoàn toàn tương tự nhau ở các kiểu gen HCV khác nhau và thường được sử dụng trong chẩn đoán sinh học phân tử.

Tiếp theo, là những vùng mã hoá cho các protein cấu trúc và protein không cấu trúc, vùng cấu trúc (structural region) gồm các gen mã hoá cho các protein capside (C - core) và lớp bao ngoài (E1 và E2 - envelope). Vùng không cấu trúc (none structural region) nằm ở phía 3 của vùng cấu trúc.

Cuối cùng, vùng 3 không phiên mã (HCV 3 - UTR) có khoảng 27 - 66 nucleotid, có chức năng báo hiệu dừng quá trình phiên mã [1].

 
 

Quy trình định lượng HCV gồm 3 bước chính: (1) Tách chiết RNA virus từ mẫu bệnh phẩm; (2) Chuyển RNA thành cDNA; (3) Định lượng bằng kỹ thuật real-time PCR [2].


HCV có vật liệu di truyền là sợi đơn RNA không bền, dễ bị phân huỷ bởi enzyme RNase hiện diện rất nhiều trong mẫu cũng như trong môi trường. Việc định lượng HCV cho kết quả chính xác khó khăn hơn các virus có vật liệu di truyền là DNA, ví dụ HBV. Vấn đề kỹ thuật lớn nhất cần giải quyết đó là việc thao tác với vật liệu di truyền RNA bị ảnh hưởng bởi rất nhiều yếu tố khách quan cũng như chủ quan từ con người.

Để  thực hiện xét nghiệm HCV-RNA, Bệnh viện Đa khoa MEDLATEC đã trang bị các hệ thống sinh học phân tử như IQ5 Multicolor Real- time PCR, Cobas Taqman 48 (Roche), đặc biệt, Bệnh viện đã đầu tư và đưa vào hoạt động hệ thống tự động QIAsymphony SP/AS/RGQ của hãng Qiagen (Đức).


Hệ thống QIAsymphony SP/AS/RGQ tự động hoàn toàn từ việc chuẩn bị mẫu, thiết lập phản ứng đến phân tích kết quả. Hệ thống còn đạt tiêu chuẩn chất lượng châu Âu và chứng chỉ dành cho chẩn đoán (CE-IVD).

Bộ kit định lượng (Artus HCV QS RGQ Kit - Qiagen) đã được cấp chứng chỉ IVD. Bộ kit được thiết kế trên vùng gene 5' UTR, đây là vùng bảo tồn cao của HCV, cho phép phát hiện tất cả các genotype HCV đã được công bố hiện nay (Genotype 1, 2, 3, 4, 5, 6) [3].

Quy trình định lượng được thực hiện với thể tích mẫu lên tới 1ml huyết thanh, huyết tương. Các hệ thống tự động khác thường sử dụng lượng mẫu nhỏ hơn 1ml [4].

Độ nhạy của hệ thống này rất cao đạt tới 21 IU/ml, tương đương với khoảng 25 copies/ml (1IU = 1.21 copies/ml). Thử nghiệm với 60 mẫu có tải lượng virus nhỏ hơn 20 IU/ml cho tỉ lệ dương tính rất cao. Trên 80% các mẫu có tải lượng virus 15 IU/ml và gần 70% các mẫu có tải lượng virus 5 IU/ml vẫn có thể phát hiện được [3].

Tài liệu tham khảo


1. Rogo, L.D., Akogwu, S., Umar, U. Z., Aliyu, A.M. and Aminu, B. M (2001) Bayero Journal of Pure and Applied Sciences, 4(1): 72 – 74.

2. Phạm Hùng Vân., 2008, PCR và Realtime PCR các vấn đề cơ bản và các ứng dụng thường gặp. Nhà xuất bản Y học.

3. Qiagen GmbH Inc., 2012. Artus® HCV QS-RGQ Kit Handbook

4. Roche Molecular System Inc. 2008. COBAS AmpliPrep/COBAS taqman HCV test package insert.

 

Đăng ký khám, tư vấn

Tại sao nên chọn bệnh viện đa khoa MEDLATEC

Bệnh viện đa khoa nhiều năm kinh nghiệm.
Đội ngũ giáo sư, bác sĩ đầu ngành
Đội ngũ giáo sư, bác sĩ đầu ngành
Cơ sở vật chất hiện đại
Áp dụng thanh toán bảo hiểm y tế lên tới 100%
Quy trình khám chữa bệnh nhanh chóng
Chi phí khám chữa bệnh hợp lý.

Tin cùng chuyên mục

Bệnh tiểu đường - Sát thủ thầm lặng khó nhận biết

Bệnh tiểu đường - Sát thủ thầm lặng khó nhận biết

Theo thống kê của Liên đoàn Đái tháo đường thế giới năm 2017, toàn cầu đã có 425 triệu người mắc bệnh tiểu đường, con số này sẽ tăng lên 642 triệu người vào năm 2040. Bệnh không gây ra cái chết nhanh chóng mà sẽ âm thầm hủy hoại sức khỏe của chúng ta, nếu phát hiện muộn sẽ dẫn tới tử vong.
Ngày 18/06/2020
Chuyên gia chia sẻ vai trò xét nghiệm HBcrAg với bệnh nhân viêm gan B

Chuyên gia chia sẻ vai trò xét nghiệm HBcrAg với bệnh nhân viêm gan B

Viêm gan B là căn bệnh có diễn biến khó lường và những biến chứng nguy hiểm nếu không kiểm soát tốt virus. Với những tiến bộ không ngừng của khoa học, hiện nay xét nghiệm mới HBcrAg ra đời đóng vai trò quan trọng trong chẩn đoán, theo dõi và điều trị viêm gan B mạn tính.
Ngày 27/05/2020
Tọa đàm online: “Xét nghiệm tận nơi - Giải pháp chăm sóc sức khỏe tiện ích”

Tọa đàm online: “Xét nghiệm tận nơi - Giải pháp chăm sóc sức khỏe tiện ích”

Bền bỉ chăm sóc sức khỏe cộng đồng suốt 24 năm qua, Dịch vụ lấy mẫu xét nghiệm tận nơi của Bệnh viện Đa khoa MEDLATEC đã trở thành người bạn đồng hành của nhiều gia đình Việt. Chuyên đề Tọa đàm online tổ chức ngày 28/05/2020 với chủ đề đặc biệt “Xét nghiệm tận nơi – Giải pháp chăm sóc sức khỏe tiện ích”sẽ cung cấp cho quý khách hàng cái nhìn toàn diện hơn về dịch vụ này.
Ngày 27/05/2020
Tọa đàm online: Phát hiện và điều trị các bệnh liên quan dị ứng

Tọa đàm online: Phát hiện và điều trị các bệnh liên quan dị ứng

Từ 20-21h, ngày 07/05/2020, BVĐK MEDLATEC tổ chức tọa đàm online chủ đề “Phát hiện và điều trị các bệnh liên quan dị ứng”. Chương trình có sự tham gia của Chuyên gia Dị ứng Miễn Dịch - PGS.TS.BSCKII. Nguyễn Văn Đoàn và BSCKI. Nguyễn Thanh Sơn.
Ngày 06/05/2020
hotline 1900 5656561900 565656