HCV-RNA: Kỹ thuật mới trên hệ thống QIA-GEN | Medlatec

HCV-RNA: Kỹ thuật mới trên hệ thống QIA-GEN

Ngày 21/10/2014 ThS. Trịnh Thị Quế, Khoa Xét nghiệm, BV MEDLATEC

Virus viêm gan C (HCV) thuộc họ Flaviviridae, giống Hepacivirus. Cấu trúc phân tử HCV RNA virus bao gồm một khung đọc mở duy nhất (ORF - open reading frame) bao trùm cấu trúc gen của HCV mã hoá một chuỗi polypeptide khoảng 3010 - 3033 aminoacid (aa) gắn kết vào đầu 5’ và 3’ của các vùng không dịch mã (UTR - Untranslated region).


Gen của virus chia làm 3 vùng chính có hai đầu 5’ và 3’.

Khởi đầu, khung đọc mở ở vùng 5’ không phiên mã (HCV5 - UTR) gồm 341 nucleotide là vùng bảo tồn nhất trong cấu trúc gen của HCV, 90% cấu trúc hoàn toàn tương tự nhau ở các kiểu gen HCV khác nhau và thường được sử dụng trong chẩn đoán sinh học phân tử.

Tiếp theo, là những vùng mã hoá cho các protein cấu trúc và protein không cấu trúc, vùng cấu trúc (structural region) gồm các gen mã hoá cho các protein capside (C - core) và lớp bao ngoài (E1 và E2 - envelope). Vùng không cấu trúc (none structural region) nằm ở phía 3 của vùng cấu trúc.

Cuối cùng, vùng 3 không phiên mã (HCV 3 - UTR) có khoảng 27 - 66 nucleotid, có chức năng báo hiệu dừng quá trình phiên mã [1].

 
 

Quy trình định lượng HCV gồm 3 bước chính: (1) Tách chiết RNA virus từ mẫu bệnh phẩm; (2) Chuyển RNA thành cDNA; (3) Định lượng bằng kỹ thuật real-time PCR [2].


HCV có vật liệu di truyền là sợi đơn RNA không bền, dễ bị phân huỷ bởi enzyme RNase hiện diện rất nhiều trong mẫu cũng như trong môi trường. Việc định lượng HCV cho kết quả chính xác khó khăn hơn các virus có vật liệu di truyền là DNA, ví dụ HBV. Vấn đề kỹ thuật lớn nhất cần giải quyết đó là việc thao tác với vật liệu di truyền RNA bị ảnh hưởng bởi rất nhiều yếu tố khách quan cũng như chủ quan từ con người.

Để  thực hiện xét nghiệm HCV-RNA, Bệnh viện Đa khoa MEDLATEC đã trang bị các hệ thống sinh học phân tử như IQ5 Multicolor Real- time PCR, Cobas Taqman 48 (Roche), đặc biệt, Bệnh viện đã đầu tư và đưa vào hoạt động hệ thống tự động QIAsymphony SP/AS/RGQ của hãng Qiagen (Đức).


Hệ thống QIAsymphony SP/AS/RGQ tự động hoàn toàn từ việc chuẩn bị mẫu, thiết lập phản ứng đến phân tích kết quả. Hệ thống còn đạt tiêu chuẩn chất lượng châu Âu và chứng chỉ dành cho chẩn đoán (CE-IVD).

Bộ kit định lượng (Artus HCV QS RGQ Kit - Qiagen) đã được cấp chứng chỉ IVD. Bộ kit được thiết kế trên vùng gene 5' UTR, đây là vùng bảo tồn cao của HCV, cho phép phát hiện tất cả các genotype HCV đã được công bố hiện nay (Genotype 1, 2, 3, 4, 5, 6) [3].

Quy trình định lượng được thực hiện với thể tích mẫu lên tới 1ml huyết thanh, huyết tương. Các hệ thống tự động khác thường sử dụng lượng mẫu nhỏ hơn 1ml [4].

Độ nhạy của hệ thống này rất cao đạt tới 21 IU/ml, tương đương với khoảng 25 copies/ml (1IU = 1.21 copies/ml). Thử nghiệm với 60 mẫu có tải lượng virus nhỏ hơn 20 IU/ml cho tỉ lệ dương tính rất cao. Trên 80% các mẫu có tải lượng virus 15 IU/ml và gần 70% các mẫu có tải lượng virus 5 IU/ml vẫn có thể phát hiện được [3].

Tài liệu tham khảo


1. Rogo, L.D., Akogwu, S., Umar, U. Z., Aliyu, A.M. and Aminu, B. M (2001) Bayero Journal of Pure and Applied Sciences, 4(1): 72 – 74.

2. Phạm Hùng Vân., 2008, PCR và Realtime PCR các vấn đề cơ bản và các ứng dụng thường gặp. Nhà xuất bản Y học.

3. Qiagen GmbH Inc., 2012. Artus® HCV QS-RGQ Kit Handbook

4. Roche Molecular System Inc. 2008. COBAS AmpliPrep/COBAS taqman HCV test package insert.

 

Đăng ký khám, tư vấn

Tại sao nên chọn bệnh viện đa khoa MEDLATEC

Bệnh viện đa khoa nhiều năm kinh nghiệm.
Đội ngũ giáo sư, bác sĩ đầu ngành
Đội ngũ giáo sư, bác sĩ đầu ngành
Cơ sở vật chất hiện đại
Áp dụng thanh toán bảo hiểm y tế lên tới 100%
Quy trình khám chữa bệnh nhanh chóng
Chi phí khám chữa bệnh hợp lý.

Tin cùng chuyên mục

Sốt “rình rập” trẻ mùa đông, mẹ cảnh giác vì có thể thức trắng đêm trông con

Sốt “rình rập” trẻ mùa đông, mẹ cảnh giác vì có thể thức trắng đêm trông con

Mùa đông độ ẩm trong không khí thấp là điều kiện để virus, vi khuẩn gây bệnh, đặc biệt ở trẻ nhỏ. Một trong những mối lo của cha mẹ là các bệnh lý liên quan đến sốt, mẹ hãy thật cẩn trọng cho sức khỏe của con yêu, vì lơ là có thể phải thức trằng đêm trông con.
Ngày 14/12/2019
Bỏ túi cách ngừa bệnh dị ứng gây “phiền toái” mùa đông

Bỏ túi cách ngừa bệnh dị ứng gây “phiền toái” mùa đông

Hắt hơi, sổ mũi, mẩn ngứa hay khò khè nặng ngực là những phiền toái của các bệnh dị ứng. Để khắc phục các khó chịu đó trong mùa đông, hãy cùng nghe PGS.TS Nguyễn Văn Đoàn - Chuyên gia Dị ứng Miễn dịch, Bệnh viện Đa khoa MEDLATEC, nguyên Giám đốc Trung tâm Dị ứng - Miễn dịch lâm sàng (MDLS), Bệnh viện Bạch Mai chia sẻ về cách phòng tránh những bệnh này.
Ngày 12/12/2019
Chụp cộng hưởng từ ở đâu uy tín và chất lượng nhất?

Chụp cộng hưởng từ ở đâu uy tín và chất lượng nhất?

Chụp cộng hưởng từ ở đâu uy tín, chất lượng là thắc mắc chung của rất nhiều người đã gửi về hòm thư của MEDLATEC. Đây là phương pháp chẩn đoán bệnh ứng dụng công nghệ cao, được đánh giá là chính xác nhất hiện nay. Tại Việt Nam, địa chỉ chụp cộng hưởng từ uy tín nhất phải kể đến Bệnh viện Đa khoa MEDLATEC.
Ngày 09/12/2019
Xét nghiệm tầm soát ung thư dạ dày ở đâu uy tín

Xét nghiệm tầm soát ung thư dạ dày ở đâu uy tín

Dù đã có ý thức đi khám sức khỏe nhưng do lựa chọn cơ sở y tế không uy tín nên nhiều trường hợp không phát hiện ra bệnh. Đó cũng chính là lý do khiến nhiều trường hợp ung thư dạ dày được phát hiện ở giai đoạn muộn. Điều này gây tốn kém chi phí và làm mất đi cơ hội điều trị bệnh hiệu quả. Vậy, xét nghiệm tầm soát ung thư dạ dày ở đâu uy tín? Mời bạn tham khảo những thông tin dưới đây:
Ngày 09/12/2019
hotline 1900 5656561900 565656