Củi thường được dùng để đốt nấu món xông khói, và gỗ có 3 hợp chất chính là cellulose, hemicellulose và lignin, được phân hủy trong quá trình cháy để tạo khói. Thường khói xông cho cá là chừng 28–32°C hoặc 70–80°C. Xông nóng là phương pháp cần chú ý đặc biệt.

Dù xông khói là phương pháp nấu nướng, bảo quản phổ biến và không có 1 cảnh báo chính thức nào được đặt ra, mối nguy hiểm chính đi cùng với các món ăn xông khói là chất PAH. Khi củi cháy, chất Polycylclic Aromatic Hydrocarbons (PAH), 1 loại chất gây ung thư cũng được tạo ra. Chất này kết dính quanh các loại thực phẩm và hoàn toàn không tốt cho người ăn.

Tuy nhiên, dù PAH khá nguy hiểm, mức độ và lượng ăn vào mới là điều quan trọng. Và thường những thực phẩm xông khói được sản xuất trong nhà máy trên thị trường hiện tại có độ PAH thấp hơn so với đồ tự làm, thủ công. Rất nhiều thực phẩm "nhà làm" được cho là sạch lại không hề được kiểm nghiệm độ PAH của chúng trước khi bán ra.

Cho nên, các món ăn xông khói cũng như món nướng không nên ăn thường xuyên mà chỉ nên dùng thỉnh thoảng. PAH trong chúng không đủ cao để gây ung thư cho bạn ngay lập tức, nhưng nếu ăn quá thường xuyên thì sẽ rất đáng quan ngại.