Bình thường, hệ thống miễn dịch có nhiệm vụ bảo vệ cơ thể chống lại các loại virut, vi khuẩn gây bệnh, hệ miễn dịch không chống lại các tế bào của cơ thể. Gọi là phản ứng tự miễn khi hệ miễn dịch tấn công các tế bào của cơ thể. Các nghiên cứu cho thấy: một số vi khuẩn, virut, độc tố và các loại thuốc đã kích hoạt một đáp ứng tự miễn của cơ thể làm cho hệ miễn dịch hoạt động quá mức, gây ra phản ứng tự miễn. Bệnh tự miễn là bệnh do hệ thống miễn dịch của cơ thể tấn công vào tế bào của các cơ quan bị bệnh. Sau đây là các bệnh thường gặp và mối liên quan của chúng với nhau.

Một số bệnh tự miễn xảy ra ở tuyến giáp trạng là: viêm tuyến giáp Hashimoto, viêm giáp trạng mạn tính lymphô bào. Biểu hiện bệnh thường là một đợt cường tuyến giáp trạng, tổn thương dẫn đến suy giáp trạng, phù niêm. Trong các bệnh này, phát hiện được rất nhiều kháng thể kháng giáp như thyroglobulin, các chất coloit, tế bào biểu mô, nang, nhân. Trong đó, loại có khả năng gây bệnh phần lớn là các kháng thể kháng bào tương. Nhưng không có mối tương quan giữa số lượng kháng thể và mức độ nặng hay nhẹ của bệnh.

Bệnh tự miễn kháng dạ dày ở người cao tuổi là bệnh viêm teo dạ dày có độ toan dạ dày giảm, yếu tố nội tại mất trong dịch vị. Có hai loại kháng thể hay gặp là kháng thể kháng microsom của các tế bào thành dạ dày và kháng thể kháng yếu tố nội tại. Nồng độ các kháng thể này tăng theo tuổi. Ở độ tuổi già, số người bị viêm teo dạ dày ở cụ bà nhiều gấp đôi ở cụ ông. Tổn thương bệnh không chỉ ở bộ máy tiêu hóa mà còn ảnh hưởng đến máu vì dạ dày là cơ quan hấp thu sắt và vitamin B₁₂.

Ở bệnh nhân suy thượng thận mạn tính vô căn, hay gặp kháng thể kháng thượng thận. Nhưng kháng thể này lại không gặp ở bệnh nhân Addison thứ phát do lao hoặc nguyên nhân khác. Bệnh đái tháo đường và các rối loạn chức năng điều hòa glucid hay gặp ở người cao tuổi. Đồng thời, người ta cũng đã chứng minh được có hiện tượng gắn insulin huỳnh quang ở các tổn thương tổ chức của đái tháo đường như ở võng mạc, cầu thận... Ở tuyến tụy đã tìm thấy nhiều kháng thể kháng tế bào tuyến nang trong viêm tụy tạng mạn tính.

Ở cùng một bệnh nhân, có thể phát hiện được nhiều tự kháng thể kháng cơ quan khác nhau như các kháng thể kháng các cơ quan nói trên. Trên thực tế cho thấy: những bệnh nhân mắc bệnh tuyến giáp thường kèm theo thiếu máu ác tính do thiếu vitamin B₁₂. Bệnh nhân bị suy dạ dày chức năng cũng đồng thời bị rối loạn tuyến giáp. Bệnh nhân bị thiếu máu Biermer cũng hay có kháng thể kháng thượng thận hay kháng giáp. Tương tự ở bệnh nhân đái tháo đường, các bác sĩ đã phát hiện được kháng thể kháng giáp, kháng dạ dày, kháng yếu tố nội tại, ở người cao tuổi càng hay gặp sự phối hợp của nhiều kháng thể.

Bệnh tiêu hóa: nhiều bệnh nhân mắc hội chứng Siogren có kháng thể kháng tuyến nước bọt. Bệnh viêm trực đại tràng chảy máu, được xếp vào loại bệnh tự miễn. Ở bệnh nhân xơ gan mật tiên phát có tự kháng thể kháng ty lạp thể...

Bệnh tim mạch: ở bệnh nhân bị nhồi máu cơ tim có nhiều kháng thể kháng cơ tim, các kháng thể này tấn công các protein có sợi cơ, xuất hiện nhất thời và mất đi trong vòng vài tuần hoặc vài tháng, gây nên hội chứng sau nhồi máu cơ tim. Bệnh nhân bị vữa xơ động mạch có cơ chế tự miễn chống lại tổ chức liên kết của động mạch, trong đó có elastin là một tự kháng nguyên.

Bệnh tiết niệu: phản ứng immuas-globulin bất thường trong bệnh viêm bể thận, viêm thận mạn ở người cao tuổi. Ở bệnh nhân bị tăng huyết áp do bệnh thận, có yếu tố tự miễn dịch.

Bệnh khớp: trong bệnh viêm đa khớp dạng thấp có các tự kháng thể thuộc loại globulin to, kiểu IgM có tính đặc hiệu cao. Ở bệnh nhân viêm khớp thường tồn tại những yếu tố dạng thấp có đặc tính khác nhau, được tiết ra tại tổn thương thấp như plasmocyt thâm nhiễm màng hoạt dịch bị tổn thương.