Từ 39.866 mẫu NIPT đến 112 mẫu được “giải cứu”: Dấu ấn nghiên cứu của MEDLATEC trong Di truyền Y học

Từ 39.866 mẫu NIPT, xác định nhóm có FF dưới ngưỡng yêu cầu 

NIPT (Non-Invasive Prenatal Testing) là phương pháp sàng lọc trước sinh không xâm lấn, phân tích DNA tự do (cfDNA) trong máu mẹ để đánh giá nguy cơ một số bất thường nhiễm sắc thể của thai. Trong đó, Fetal Fraction (FF) - tỷ lệ cffDNA có nguồn gốc từ bánh rau thai nhi trong tổng lượng DNA tự do lưu hành trong máu mẹ là một trong những yếu tố quan trọng ảnh hưởng đến khả năng phân tích và trả kết quả xét nghiệm. 

Khi FF quá thấp, lượng DNA có nguồn gốc từ thai nhi trong mẫu không đủ để đáp ứng yêu cầu phân tích, có thể dẫn đến tình trạng “No-call” - “không thể trả kết quả xét nghiệm”. Với các trường hợp FF quá thấp, thai phụ sẽ được tư vấn thu lại mẫu sau khoảng 2 tuần. Theo báo cáo nghiên cứu, tỷ lệ “No-call” trong NIPT khoảng 1-3%, trong đó FF thấp là một trong những nguyên nhân chủ yếu. Ngưỡng FF được khuyến cáo tối thiểu thường ở mức 3,5-4%.  

ThS.BSNT Nguyễn Bá Sơn - Trưởng Phòng Di truyền, Trung tâm Xét nghiệm MEDLATEC báo cáo tại hội nghị 

Xuất phát từ thực tế này, nhóm nghiên cứu do ThS.BSNT Nguyễn Bá Sơn - Trưởng Phòng Di truyền, Trung tâm Xét nghiệm MEDLATEC cùng các cộng sự thực hiện nghiên cứu “Đánh giá hiệu quả làm giàu cffDNA bằng hạt từ tính trong sàng lọc trước sinh NIPT”, nhằm đánh giá hiệu quả của quy trình làm giàu cffDNA bằng hạt từ tính trong việc tăng FF và hỗ trợ giảm tình trạng “No-call”. 

Trong quá trình triển khai, nhóm nghiên cứu phân tích dữ liệu từ 39.866 mẫu NIPT được thực hiện tại MEDLATEC. Kết quả ghi nhận 293 mẫu có FF dưới ngưỡng yêu cầu, chiếm 0,735% tổng số mẫu. 

Đây là nhóm mẫu có nguy cơ không thể trả kết quả do lượng DNA có nguồn gốc từ thai nhi thấp. Thay vì phải lấy lại mẫu ở tất cả trường hợp, nhóm nghiên cứu tiếp tục đánh giá các tiêu chuẩn để lựa chọn những mẫu phù hợp với quy trình làm giàu cffDNA. 

Kết quả, 142/293 mẫu, tương đương 0,356% tổng số 39.866 mẫu NIPT, đủ tiêu chuẩn được chuyển sang thực hiện làm giàu cfDNA bằng hạt từ tính. 

Làm giàu cffDNA bằng hạt từ tính giúp FF tăng trung bình 1,84 lần 

Sơ đồ nghiên cứu đề tài 

Nghiên cứu được triển khai theo hai giai đoạn, gồm đánh giá trên nhóm mẫu chứng và đánh giá hiệu quả ứng dụng thực tế. Các mẫu được phân tích song song bằng phương pháp không sử dụng hạt từ tính và phương pháp sử dụng hạt từ tính để làm giàu cffDNA. 

Hạt từ tính được sử dụng trong quy trình làm giàu dựa trên nguyên lý lựa chọn kích thước cfDNA, qua đó loại bỏ một phần các đoạn cfDNA dài và giữ lại các đoạn cfDNA ngắn hơn, trong đó có cfDNA tự do có nguồn gốc từ thai nhi. 

Trên nhóm mẫu chứng, kết quả cho thấy FF trung bình tăng từ 7,27% lên 12,45%, tương đương mức tăng 1,84 lần, có ý nghĩa thống kê với p<0,001. Mức tăng ghi nhận dao động từ 1,39-2,58 lần. Các mẫu chứng trước và sau làm giàu cffDNA đều cho kết quả tương đồng. Đáng chú ý, chỉ số Z-score của các mẫu bất thường sau khi làm giàu cũng tăng lên rõ rệt, từ đó giúp nhận diện bất thường được chính xác được chính xác hơn, giảm nguy cơ âm tính giả rõ rệt. Đối với một xét nghiệm sàng lọc như NIPT, việc giảm nguy cơ âm tính giả cho xét nghiệm là vô cùng quan trọng, hạn chế được các tình huống mà kết quả NIPT trả “nguy cơ thấp” nhưng em bé lại mắc bệnh.  

Trên nhóm mẫu bệnh, gần 90% mẫu đạt mức tăng FF từ 1,2 lần trở lên, mức tăng trung bình đạt 1,95 lần. Đặc biệt, hiệu quả tăng FF được ghi nhận rõ ở nhóm có FF thấp từ 1,8-3%, cho thấy phương pháp có khả năng hỗ trợ đối với những mẫu khó. 

Những kết quả này cho thấy làm giàu cffDNA bằng hạt từ tính có khả năng cải thiện FF mà vẫn duy trì chất lượng dữ liệu cần thiết cho quá trình phân tích NIPT. 

112/142 mẫu trả được kết quả sau khi làm giàu cffDNA 

Một trong những kết quả nổi bật nhất của nghiên cứu là khả năng giảm số trường hợp “No-call” và hạn chế nhu cầu lấy lại mẫu. Trong số 142 mẫu đủ tiêu chuẩn làm giàu, sau khi thực hiện quy trình, 112 mẫu đã trả được kết quả, chiếm 78,88%. Trong khi đó, 30 mẫu vẫn No-call, chiếm 21,12%. 

Bác sĩ Sơn nhấn mạnh, quy trình làm giàu cffDNA đã hỗ trợ xử lý thành công phần lớn các mẫu có FF thấp đủ tiêu chuẩn can thiệp. Đây cũng là điểm đáng chú ý trong nghiên cứu khi đặt trong bối cảnh giảm số trường hợp phải lấy lại mẫu, góp phần tối ưu hóa quy trình xét nghiệm và trải nghiệm của thai phụ. 

Trong số 112 mẫu trả được kết quả, có 111 trường hợp nguy cơ thấp và 1 trường hợp nguy cơ cao. Trường hợp nguy cơ cao có kết quả NIPT là Trisomy 13 thể khảm với tỷ lệ 58%. Thai phụ sau đó được thực hiện chọc ối và kết quả cho thấy đây là trường hợp NIPT dương tính giả. 

Kết quả này đồng thời nhấn mạnh một nguyên tắc quan trọng: NIPT là xét nghiệm sàng lọc, không phải xét nghiệm chẩn đoán. Khi kết quả cho thấy nguy cơ cao, thai phụ cần được tư vấn di truyền và thực hiện xét nghiệm chẩn đoán xác định theo chỉ định của bác sĩ. 

Báo cáo được thực hiện từ 39.866 mẫu NIPT của mẹ bầu làm tại MEDLATEC 

Nghiên cứu cũng cho thấy hiệu quả làm giàu FF có sự khác biệt tùy theo phạm vi khảo sát. Với 91 mẫu chỉ khảo sát lệch bội nhiễm sắc thể, mức tăng FF trung bình đạt 2,01 lần, tỷ lệ thất bại sau làm giàu là 10,99%. Trong khi đó, ở 51 mẫu NIPT mở rộng, khảo sát thêm mất/lặp đoạn nhỏ nhiễm sắc thể, mức tăng FF trung bình đạt 1,65 lần, tỷ lệ thất bại là 40%. Theo nhóm nghiên cứu, sự khác biệt này có thể liên quan đến yêu cầu cao hơn về độ bao phủ dữ liệu và chất lượng tín hiệu khi phân tích các biến đổi mất/lặp đoạn nhỏ. 

Từ dữ liệu xét nghiệm đến những bước tiến trong Di truyền Y học 

Nghiên cứu về làm giàu cffDNA bằng hạt từ tính là một trong 4 nghiên cứu được MEDLATEC trình bày tại Hội nghị Di truyền Y học và Hệ gen toàn quốc năm 2026, diễn ra từ ngày 6-8/8 tại Hà Nội. 

Bên cạnh nghiên cứu trọng tâm về NIPT, MEDLATEC còn trình bày 3 nghiên cứu thuộc các hướng khác của Di truyền Y học, gồm: “Nghiên cứu đặc điểm bất thường nhiễm sắc thể và phân bố vị trí đứt gãy cấu trúc nhiễm sắc thể trong hơn 63.900 mẫu nhiễm sắc thể đồ tại Hệ thống Y tế MEDLATEC, 2017-2026”; “Nghiên cứu tỷ lệ các biến thể gen ung thư di truyền bằng kỹ thuật giải trình tự thế hệ mới (NGS)”; và nghiên cứu về “Tỷ lệ các biến thể gene CYP2C19 và phân bố kiểu hình chuyển hóa thuốc”. 

Sự đa dạng về chủ đề nghiên cứu cho thấy dữ liệu xét nghiệm không chỉ có giá trị trong chẩn đoán, sàng lọc và theo dõi người bệnh, mà còn là nguồn tư liệu quan trọng phục vụ nghiên cứu khoa học. Từ dữ liệu thực tiễn, các nhà nghiên cứu có thể nhận diện đặc điểm di truyền, đánh giá hiệu quả kỹ thuật và tìm kiếm những giải pháp phù hợp hơn cho từng nhóm đối tượng. 

Đặc biệt, với nghiên cứu NIPT, kết quả FF tăng trung bình 1,84 lần và “giải cứu” 112/142 mẫu là những dữ liệu đáng chú ý, góp phần bổ sung bằng chứng về hướng ứng dụng kỹ thuật làm giàu cffDNA bằng hạt từ tính trong xử lý các mẫu có FF thấp. 

Trung tâm Xét nghiệm MEDLATEC đáp ứng đầy đủ xét nghiệm chuyên sâu của đa chuyên khoa 

Trung tâm Xét nghiệm MEDLATEC là đơn vị có nền tảng xét nghiệm chuyên sâu trong các lĩnh vực di truyền, sinh học phân tử và giải trình tự gen thế hệ mới (NGS). Hệ thống phòng xét nghiệm được vận hành theo các tiêu chuẩn chất lượng, trong đó có ISO 15189:2022 và CAP (Hoa Kỳ), tạo nền tảng cho hoạt động xét nghiệm, nghiên cứu và ứng dụng các kỹ thuật di truyền hiện đại. 

Việc trình bày 4 nghiên cứu tại Hội nghị Di truyền Y học và Hệ gen toàn quốc năm 2026 là dấu mốc tiếp tục khẳng định định hướng đẩy mạnh nghiên cứu khoa học, khai thác dữ liệu xét nghiệm và ứng dụng các thành tựu di truyền học vào thực hành y khoa, hướng tới mục tiêu phát triển y học chính xác tại Việt Nam.